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    Base de datos bioinformática

    de las regiones promotoras de todos los genes de D. hansenii.

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    Descripción y secuencia de los factores transcripcionales implicados

    en la inducción de la transcripción de genes de respuesta al estrés.

 

Información compartida entre especies



La molécula más importante para la vida es el ADN; desde la amiba hasta el elefante, tenemos la misma doble hebra de ADN, este descubrimiento ha llevado a buscar qué es lo que diferencia a unos organismos de otros. La diversidad biológica proviene de elementos básicos, como el número de genes, el número de proteínas codificadas por un gen, cuándo y cómo se deben sintetizar las proteínas codificadas por cada gen; es decir, cómo se transcriben los genes. Recientemente se ha planteado que la complejidad de los organismos se debe, entre otros factores, a la evolución de la regulación de la transcripción, qué factores de transcripción (FT) tienen los organismos para activar o reprimir la síntesis del ARN que dará lugar a diferentes proteínas. El número de FT varía según la especie, por ejemplo, las levaduras poseen alrededor de 300 FT, los gusanos 1000 FT y el humano 3000 FT (Levine y Tjian, 2003).

Aunado a lo anterior, durante estrés los organismos y las células tienen diferentes vías de respuesta para contrarrestar los efectos negativos que llevan a la transcripción para producir proteínas que mantienen la homeostasis. Los FT son las moléculas clave que controlan este proceso de transcripción. Estos hallazgos han llevado a evaluar si estas vías de respuesta al estrés y los FT se comparten entre diferentes especies, y se ha encontrado que algunos elementos son iguales en diferentes especies, por ejemplo, en eucariontes el factor de transcripción HSF1 (Factor de respuesta al aumento de temperatura) es el mismo en Drosophila melanogaster que en el gusano Caenorhabditis elegans; estas dos especies también comparten las proteínas Hsp70 y Hsp90, que son expresadas una vez que ha ocurrido estrés térmico por aumento de temperatura para revertir el plegamiento incorrecto de proteínas (Richter, Halsbeck y Buchnerm, 2010). El hecho de que existan genes y proteínas comunes en la respuesta al estrés en diferentes especies, nos lleva a proponer que en aquellas especies de las que no se tienen estudios, la búsqueda de sitios de unión (BS por sus iniciales en inglés) y FT a partir de especies conocidas son una herramienta para estudiar los mecanismos de respuesta a diferentes condiciones de estrés.

En esta página presentamos una herramienta (base de datos DEHA) para el análisis de factores transcripcionales en el genoma de Debaryomyces hansenii, una levadura cuyo genoma se ha secuenciado (Génolevures: www.igenolevures.org) pero se desconocen los aspectos más básicos de la regulación de la transcripción. Para generar esta herramienta utilizamos la información disponible de los FT de la levadura Saccharomyces cerevisiae, que es el modelo biológico básico para el estudio de diferentes procesos celulares, entre ellos el estudio de los factores transcripcionales.

Referencias


Levine M y Tjian R. (2003) Transcription and animal diversity. Nature 424: 147-151.

Richter K, Halbeck M y Buchner J. (2010). The Heat Shock Response: Life on the Verge of Death. Molecular Cell 40: 253-266.



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